(https://i.resimyukle.xyz/ILy4If.jpg)
İlk iki oyunda olduğu gibi yine bu oyunda da Gordon Freeman'ı yönetiyoruz ve Half-Life 2'den kaldığımız yerden tepesinde bir patlamaya neden olduğumuz Citadel'den başlıyoruz. Episode One'ın ana karakteri Gordon Freeman ve yardımcı karakter Alyx Vance, insan ırkının Combine'a karşı savaşını sürdürmektedir. Oyun başladığında, Gordon Freeman kendisini Citadel'in yıkıntıları arasında bulur ve oyun boyunca Alyx ile birlikte City 17'yi tahliye etmeye çalışırlar.
İlk ve ikinci oyunu trende başlayan seri, bu oyun sonunda bir tren sahnesi patlaması ile sonlanır.